در سال 1983 به اتهام نگهداری اسلحه و تشکیل سازمان نظامی و فعالیت علیه حکومت عبری بازداشت و در دادگاه نظامی ـ صهیونیستی محاکمه و به 13 سال زندان محکوم شد.

در سال 1985 در چار چوب تبادل اسراء میان حکومت اشغالگر و جبهه آزادیبخش فلسطین پس از تحمل11 ماه زندان، آزاد می شود.
در سال 1988 نیروهای اشغالگر صهیونیست با یورش به منزل ایشان او را مورد بازجویی قرار داده و تهدید به تبعید به لبنان می کنند.
نیروهای اشغالگر به منظور پایان دادن به مقاومت مسلحانه ای که ( از طرف نیروهای حماس) به شکل حمله با سلاح سرد علیه سربازان و مزدوران اشغالگر در آمده بود ، اقدام به بازداشت شیخ و صدها نفر از هواداران جنبش حماس می کنند .

در تاریخ 16/ 10 /1991 دادگاه نظامی ـ صهیونیستی با کیفر خواستی در 9 بند ، شیخ را به اتهام تشویق برای ربودن و قتل سربازان صهیونیستی ، تأسیس “حماس” و تشکیل دستگاههای امنیتی و نظامی متهم کرده و او را به حبس ابد به علاوه 15 سال زندان محکوم می کند .
شیخ احمد علاوه بر فلجی کامل ، از امراض و بیماریهای دیگری از جمله فقدان بینایی چشم راست ـ بر اثر ضرب و شتم در جریان بازجویی ـ ضعف بینایی چشم چپ ، التهاب مزمن و شدید دو گوش ، حساسیت ریه ها و دیگر امراض و التهابات داخلی رنج می برد . شرایط سخت زندان و نبود امکانات پزشکی بر وخامت سلامتی ایشان افزود به طوری که بارها به بیمارستان منتقل شد .

در تاریخ 13/ 12/ 1992 تیمهای عملیاتی گردانهای القسام اقدام به ربودن یک سرباز صهیونیستی کرده و پیشنهاد می کنند که آماده اند این سرباز را در مقابل آزادی شیخ و تمامی بازداشت شدگان در زندانهای صهیونیستی (از جمله افراد مریض و مسن و عربهای ربوده شده) آزاد می کنند . اما صهیونیستها با این پیشنهاد مخالفت کرده و به خانه ای در روستای بیرنبا در نزدیکی قدس که سرباز صهیونیستی در آن بازداشت بوده یورش می برند . این درگیری به کشته شدن سرباز صهیونیستی و شهادت رهبر گروه عملیاتی می انجامد .

در صبح روز چهارشنبه 1/ 10/ 1997 شیخ به موجب توافق میان اردن و اسراییل در مقابل تسلیم کردن دو مزدور صهیونیستی بازداشت شده در اردن آزاد می شود . لازم به یاد آوری است که این دو سرباز در یک تلاش نافرجام برای ترور در اردن دستگیر شده بودند .